| 李冬梅, 吕复兵, 朱根发, 操君喜, 孙映波, 刘海林, 王真.文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析[J].广东农业科学,2012,39(10):61-65 |
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文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析 |
| Analysis on codon usage of chloroplast genome of Oncidium Gower Ramsey |
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| DOI：10.3969/j.issn.1004-874X.2012.10.019 |
| 中文关键词: 文心兰, 叶绿体基因组, 密码子使用, 对应分析, GC含量, 最优密码子 |
| 英文关键词: |
| 基金项目:广东省农业科学院院长基金 |
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| 中文摘要: |
| 通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式.结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59％,明显低于GCl和GC2含量,说明密码子第3位富含AT.GC1与GC2极显著相关(r=0.572**),GC3与GC1(r=-0.051)和GC2(r=-0.08)均未达到显著水平.对应性分析表明第一向量轴上基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.556**),与GC3和ENC的相关系数分别为0.025和0.281,均未达到显著水平;GC含量与ENC、CAI以及第一向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.228、0.381*和-0.354*.将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合,确定了17个为文心兰叶绿体基因组的最优密码子. |
| 英文摘要: |
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